Sân bay quốc tế San Francisco có 4 đường cất hạ cánh, đây là trung tâm của hãng United Airlines và hãng Virgin America. Các hãng bay nội địa tại sân bay như AirTran Airways (Atlanta, Milwaukee , Alaska Airlines (Los Angeles, Palm Springs, Portland (OR), Seattle/Tacoma, Vancouver), Horizon Air (Portland (OR), Continental Airlines (Cleveland, Houston-Intercontinental, Newark), Southwest Airlines (Chicago-Midway, Las Vegas, Los Angeles, Phoenix, San Diego), Sun Country Airlines (Minneapolis/St. Paul), US Airways (Charlotte, Las Vegas, Philadelphia, Phoenix, Pittsburgh), Mesa Airlines (Phoenix)...Và các hãng bay quốc tế: Aer Lingus (Dublin), Air France (Paris-Charles de Gaulle), Alaska Airlines (Ixtapa/Zihuatanejo, Los Cabos, Mazatlan, Puerto Vallarta), Asiana Airlines (Seoul-Incheon), Belair (Zürich), British Airways (London-Heathrow), Cathay Pacific (Hong Kong), China Airlines (Taipei-Taiwan Taoyuan),...